Родился 10 февраля 1914 года в городе Томске.

После окончания Высшего военно-морского училища имени Ф.Э. Дзержинского в 1939 году Ю. Ксюнин – инженер-механик подводных лодок на Тихоокеанском флоте. Служил в районе Владивостока. Во время Великой Отечественной войны переведен в учебный отряд подводного плавания помощником начальника учебного отделения. Отряд занимался подготовкой кадров для подводных лодок для действующих флотов страны. Готовили, комплектовали и отправляли на фронт бригады морской пехоты. Юлий Порфирьевич принимал также участие в подготовке легких водолазов для форсирования водных рубежей на фронтах Великой Отечественной войны.

Непосредственно в боях Ю. Ксюнину довелось участвовать во время войны с Японией. В 1944 году его перевели в учебный отряд Тихоокеанского флота на остров Русский преподавателем спецпредметов в электромеханическую школу. Отдельные японские самолеты прорывались к Владивостоку, острову Русский. В начале августа 1945 года Ю. Ксюнин участвовал в подготовке и высадке десанта в Северную Корею, где бойцы Красной армии должны были захватить порты и военно-морские базы японцев.

После службы на острове Русском капитан II ранга Ксюнин – старший офицер штаба Тихоокеанского флота. Далее – начальник Военно-морского учебного центра добровольного общества содействия Военно-Морскому флоту. Избран председателем Приморского краевого комитета и членом всесоюзного совета этой добровольной организации от Приморского края. В 1951 году Ю.П. Ксюнин – военный представитель Главного управления кораблестроения Военно-Морского флота в Красноярске, Ярославле, ГДР. В 1960 году Ю.П. Ксюнин уволен в запас.

Преподавал в тамбовских высших и средних профессиональных учебных заведениях. Вел активную общественную работу в ветеранских организациях. С 2000 года – капитан 1-го ранга. Почетный член Санкт-Петербургского клуба моряков подводников.

Награжден орденами Красного Знамени, Отечественной войны II степени, Красной Звезды, медалью к ордену «За заслуги перед Отечеством» IVстепени, медалями «За боевые заслуги», «За победу над Германией» и «За победу над Японией».